Conventul („casa fraților”) franciscan situat în colțul sud-estic al celei de-a doua incinte fortificate medievale, pe un teren donat de judele orașului Ambrus Szabó, a început a fi construit în 1487. Un document din 1490 menționează faptul că regele Matia Corvinul sprijină construirea ansamblului prin alocarea de venituri de la cămara de sare din Turda.

Sprijinul regalității ungare continuă și în timpul lui Vladislav I, care, în 1494, emite o nouă diplomă pentru finanțarea lucrărilor. Biserica franciscană este menționată în documente din 1503 ca existentă, dar, după numai 53 de ani, franciscanii au fost alungați de orașul care adoptase Protestantismul, notează Muzeul Național de Istorie a Transilvaniei, pe pagina de Facebook a instituției.

Altarele bisericii au fost distruse, iar terenul și clădirile lor incluse în proprietatea orașului. Prin intervenția principelui Ștefan Báthory, în 1579, orașul a cedat terenul și clădirile bisericii și mănăstirii foste franciscane către ordinul catolic iezuit, în vederea fondării unui colegiu. Din 1581, iezuiții s-au mutat în fosta mănăstire benedictină din Cluj-Mănăștur, și nu după mult timp deschid și școala în incinta conventului de pe Ulița Lupilor.

În contextul frământărilor din timpul Războiului de 15 ani, în 1603, orășenii protestanți au alungat garnizoana regală germană şi au devastat mănăstirea iezuiților. Acoperișul bisericii, bolta navei și mobilierul interior (altare, statui sau monumente funerare) au fost dărâmate sau distruse. Ruinele mănăstirii au fost demolate şi materialul lor a fost refolosit în construcțiile orașului, biserica a servit ca depozit de fân, iar în locul clădirilor anexe au fost ridicate case noi.

La propunerea principelui Gabriel Bethlen, Dieta atribuie biserica reformaților calvini în anul 1622. Între 1638 – 1647, sunt efectuate lucrări de reparare și restaurare bisericii; intervențiile continuă în tot secolul 18 (1708–1710, 1721–1723 , 1727, 1760–1762).

În 1765 a fost amplasată orga bisericii, prima dată în cor, mai târziu pe o tribună de lemn din capătul vestic al navei. Clădirea colegiului este aproape complet distrusă în incendiul din 1798, iar renovările se desfășoară pe durata a peste cinci ani. Între 1909–1912 se operează o altă serie de lucrări de restaurare, în care este construită tribuna vestică de astăzi pe care s-a amplasat orga din secolul 18, care a fost transformată în orgă de concerte de către firma Angster din Pécs.

Între 1958–1963, lucrările concertate ale Direcției Monumentelor Istorice din București și Biroului Tehnic al Episcopiei Reformate consolidează și completează șarpanta, turnul, cornișa, soclul bisericii și portalul vestic. Biserica, având o singură navă de 34 metri lungime, 15 metri lățime și 19 metri înălțime, se mai face remarcată prin colecția de plăci funerare comemorative şi de blazoane mortuare din secolele 19-20. 

Biserica Cetate, numită astfel după aspectul similar cu al unui castel medieval, este considerată una dintre cele mai importante construcții în stil gotic din Transilvania, fiind cuprinsă între monumentele istorice ale județului.